現(xiàn)行科學事業(yè)單位會計核算在反映科研經(jīng)費特點上，尚有一些不足之處。比如會計科目設(shè)置與預(yù)算科目設(shè)置不一致。不同經(jīng)費沒有統(tǒng)一的成本核算科目，執(zhí)行不同經(jīng)費管理辦法，按照不同預(yù)算支出科目進行支出核算。同時，現(xiàn)行的會計核算科目與預(yù)算支出科目之間也沒有明顯的對應(yīng)關(guān)系。
為實現(xiàn)會計科目與預(yù)算科目相銜接，收入科目設(shè)置上，在財政補助收入科目下，我們可按照財政設(shè)置的科研專項資金類別設(shè)立明細科目，科學事業(yè)單位在收到財政資金時按照其來源分別入賬；支出上，建議統(tǒng)一各專項科研項目的預(yù)算科目，確定預(yù)算支出科目與單位多個會計核算科目之間的映射關(guān)系，以利于財務(wù)核算的統(tǒng)一性和可比性，為提高整體核算質(zhì)量打下堅實的基礎(chǔ)，以利于預(yù)算執(zhí)行與比較。
會計核算時要考慮到對預(yù)算執(zhí)行的控制?？茖W事業(yè)單位會計制度上要突出要求單位每月結(jié)轉(zhuǎn)財政資金收入、支出，計算每月財政資金的結(jié)轉(zhuǎn)和結(jié)余，從而將財政預(yù)算資金的管理從結(jié)果管理（強調(diào)預(yù)算零結(jié)余）轉(zhuǎn)變成過程管理（強調(diào)預(yù)算執(zhí)行），相應(yīng)科目設(shè)置上也要對應(yīng)財政資金類別分別設(shè)置相應(yīng)結(jié)轉(zhuǎn)與結(jié)余科目。對于基建支出，建議考慮將基建支出與科研支出合并統(tǒng)一核算，將基建支出作為一個項目支出核算，同時對基建支出的原始票據(jù)進行復印，用復印件作為依據(jù)，按照基建經(jīng)費管理要求做基建輔助賬。
會計核算上，如何做到真正的科研項目全成本核算？我們建議科研成本核算參考制造成本法思路，將科研成本分科研直接材料成本、科研直接人工成本和科研間接成本，科研項目經(jīng)費安排上考慮科研直接人工成本和科研間接成本，會計核算上則以權(quán)責發(fā)生制為基礎(chǔ)，將科研單位公共資源的資產(chǎn)占用成本通過折舊等攤銷方式進科研項目成本，真正實現(xiàn)科研項目經(jīng)費的全成本核算。對科研間接成本進行分類并制定統(tǒng)一的分攤標準，在預(yù)算中充分考慮間接費用，科研承擔單位在核算中嚴格執(zhí)行預(yù)算金額，控制間接費用的開支，這樣可以鼓勵單位多爭取科研項目來不斷提高科研水平，積累單位自有資金，改善單位科研環(huán)境和公共設(shè)施，提高科研人員待遇，調(diào)動科研單位和科研人員積極性。
