目前，雖然現(xiàn)行的一些會計相關(guān)法律法規(guī)的適用范圍包括了科研事業(yè)單位，但是側(cè)重點卻基本放在企業(yè)方面。另外，在科研事業(yè)單位中，內(nèi)部控制也沒有與業(yè)績考核很好地掛鉤，缺乏約束力。因此，為建立和完善科研單位內(nèi)部控制制度，需加強以下措施。
區(qū)分單位的支出，加強對成本的核算。首先，單位應(yīng)明確成本核算對象。一般說來，科研事業(yè)單位應(yīng)以科研課題或部門為成本核算的對象；其次，要正確劃分成本與費用之間的界限；再其次，要分清生產(chǎn)費用與產(chǎn)品成本之間的界限，明確生產(chǎn)費用與一定的時期相關(guān)聯(lián)，而與生產(chǎn)的產(chǎn)品無關(guān)；最后，還要認真分清生產(chǎn)費用與期間費用的界限，明確生產(chǎn)費用記入產(chǎn)品成本，期間費用直接記入當(dāng)期損益。而且，期間費用還必須進一步劃分為管理費用、營業(yè)費用和財務(wù)費用。
逐步將科研事業(yè)單位會計制度與企業(yè)會計制度合二為一。隨著市場經(jīng)濟的深化，科研事業(yè)單位的投資主體已發(fā)生變化，科研事業(yè)單位會計與企業(yè)單位會計的差別在縮小。首先，兩者的會計目標(biāo)逐漸趨于一致。作為科研事業(yè)單位，其接受其他單位的投資，必須滿足債權(quán)人對科研事業(yè)單位經(jīng)營情況和利潤情況了解的需求，要提供給債權(quán)人科研事業(yè)單位的償債能力信息以及自身發(fā)展?fàn)顩r等信息。其次，兩者的業(yè)務(wù)內(nèi)容趨于一致?？蒲惺聵I(yè)單位一般實行“核定收支、定額或者定向補助、超支不補、結(jié)余留用”的預(yù)算管理方法，且每年都會收到國家的科研經(jīng)費投入。而科研單位通過科研活動又能把科技成果轉(zhuǎn)化為生產(chǎn)力，創(chuàng)造經(jīng)濟效益。所以，可以將其作為企業(yè)的業(yè)務(wù)類型來對待。最后，在會計科目的設(shè)置、會計要素的確認、計量等方面，兩者也具有一致性。
這些都為科研事業(yè)單位會計制度與企業(yè)會計制度合二為一提出了可能。
明確各項會計人員職責(zé)，提高會計人員業(yè)務(wù)素質(zhì)。在新《會計法》中規(guī)定：記賬人員與經(jīng)濟業(yè)務(wù)事項和會計事項的審批人員、經(jīng)辦人員、財務(wù)保管人員的職責(zé)權(quán)限應(yīng)當(dāng)明確，實行崗位分離、相互制約的機制。因此，在科研事業(yè)單位內(nèi)控管理中，首先應(yīng)明確會計人員的職責(zé)。其次，財會工作是一項專業(yè)性很強的工作，沒有一定的業(yè)務(wù)水平和職業(yè)道德難以勝任。因此，當(dāng)前進行內(nèi)部控制的重點應(yīng)是盡快提高會計人員的職業(yè)道德和業(yè)務(wù)素質(zhì)。需要經(jīng)常通過業(yè)務(wù)培訓(xùn)和基礎(chǔ)工作建設(shè)，提高單位會計信息的真實性和準(zhǔn)確性。
建立和健全單位內(nèi)部的會計審計制度。單位內(nèi)部審計制度是加強內(nèi)部會計監(jiān)督，提高會計信息準(zhǔn)確性和可靠性的有效手段。在科研事業(yè)單位的審計中，要將原始憑證、記賬憑證、會計報表、賬簿等作為審計對象，以對內(nèi)控制度執(zhí)行情況進行檢查作為審計的目標(biāo)，從而監(jiān)督單位內(nèi)部的各項規(guī)章制度和措施的實施情況。在審計工作中，首先要及時了解實踐中存在的各種問題，并積極反饋給單位領(lǐng)導(dǎo)，以提高單位的管理效率，以便進一步完善制度。其次，要認識到內(nèi)部會計控制制度涵蓋著單位中所有參與經(jīng)濟活動的部門和人員，涉及的單位內(nèi)部管理和會計核算基礎(chǔ)最終是對人和事的管理和約束。最后，在建立內(nèi)部會計控制制度時，還必須控制好內(nèi)部會計控制、管理成本、單位利潤三者間的關(guān)系，認識到內(nèi)控制度的效果與工作效率成反比，與管理成本成正比。
因為內(nèi)控制度建立越完善，效果就越明顯，但相對的工作效率就會低一些，并且隨之帶來的管理成本必定會提高。所以，在制定內(nèi)控制度時，必須找出上述三者的平衡點。
